Prima di tutto, vorrei dirti che la BART non è una metropolitana, e non è ASSOLUTAMENTE paragonabile alla metro di Tokyo. E' una linea che attraversa la città ma non può essere usata per andare in giro, in quanto non passa in tutta la città.
A San Francisco si va in giro con gli autobus e i tram. La città non è tanto grande, quindi questo è più che fattibile e non implica grossi disagi. Si può fare un abbonamento giornaliero o settimanale, ma anche il singolo biglietto dell'autobus che si acquista a bordo ha una durata di 90 minuti (se non ricordo male) quindi può essere riutilizzato per corse successive (occhio che bisogna dare i soldi giusti, l'autista non da' il resto e si arrabbia pure se non ti persenti con la cifra esatta).
Le zone: sconsiglierei di allontanarsi fino a Berkeley o Oakland, non ne vale assolutamente la pena!
Allo stesso tempo, bisogna fare un po' attenzione alle zone centrali (Union Square e dintorni), che la sera (anzi, già verso le 18/19, quando chiudono i negozi) si popolano di senzatetto, che dormono in strada. Non sono pericolosi ma comunque non si può dire che faccia piacere, come spettacolo.
Bisogna anche fare attenzione a dove si va finire come albergo... quelli che costano troppo poco non sono, a mio avviso, molto tranquilli dal punto di vista della sicurezza... ma magari è stata solo la mia impressione.
Non so quanto vuoi spendere, però ti suggerisco di guardare il sito di questo:
http://www.gearyparkwaymotel.com/
fermata dell'autobus proprio di fronte, in 15/20 minuti al massimo sei a Union Square. Zona tranquilla, posto più che decente. Il prezzo varia a seconda del periodo, ma include anche una "complimentary breakfast" e wifi in camera. C'è il forno a microonde che può tornare utile per mangiare qualcosa di comprato al supermercato (ci sono ottimi pasti pronti nel reparto surgelati, a noi può sembrare assurdo ma credimi, a volte torna utile, con 5/6 dollari puoi cenare...).
Come zone dove trovare alloggio, si possono prendere in considerazione anche Fisherman's Wharf (è una zona estremamente "turistica", un po' pacchiana, ma ci sono buone offerte per gli alberghi) o la Marina.
OK, scusa se mi sono dilungata troppo :-))
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I due motel su Geary Street: non li sceglierei, sono troppo vicini a Tenderloin (l'unica zona veramente malfamata di SF). Ma fai come vuoi, ovviamente!!
Leggi le recensioni su Tripadvisor magari, prima di decidere....
http://www.tripadvisor.it/Hotel_Review-g60713-d80977-Reviews-Motel_6_San_Francisco_Downtown-San_Francisco_California.html
http://www.tripadvisor.it/Hotel_Review-g60713-d80753-Reviews-Days_Inn_San_Francisco_Downtown_Civic_Center_Area-San_Francisco_California.html
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La zona mi pare buona, tra la Marina e Cow Hollow. Sull'albergo non mi pronuncio, non lo conosco.
http://www.tripadvisor.it/ShowUserReviews-g60713-d80950-r86725909-Days_Inn_Lombard_Street-San_Francisco_California.html#REVIEWS
ma quando sento parlare di BEDBUGS preferisco stare alla largaaa..... :-O
Eh si! Days Inn a Lombard Street, in due commenti su Tripadvisor (http://www.tripadvisor.it/ShowUserReviews-g60713-d80950-r86725909-Days_Inn_Lombard_Street-San_Francisco_California.html) Selezionando come lingua "Inglese per primo". Altri però dicono che ci si sono trovati bene...